La flora e la fauna dei laghi è molto variegata oltre ai mitili, che rappresentano anche una delle principali attività di coltivazione nei Laghi di Ganzirri e Torre Faro, qui vivono molte specie di pesci come piccoli cefali che purtroppo oggi a causa dell’inquinamento stanno lentamente scomparendo.

Sui Laghi si possono anche osservare numerosissime specie di uccelli che si fermano su queste acque durante le loro lunghe migrazioni, gru, aironi, oche e anatre selvaggie arrivano a centinaia. Una presenza abbastanza importante è quella degli aironi che durante il loro volo verso nord, in primavera, sostano nella laguna di Capo Peloro, si appoggiano dolcemente sui pali della molluschicoltura o si adagiano nelle acque più basse alla ricerca di cibo. Bisogna anche ricordare i Falchi pescatori, i gabbiani l e le sterne, uccelli migratori che attraversano questi luoghi e qui sostano grazie al clima piuttosto umido e alla presenza di cibo indispensabile per recuperare le energie e continuare il volo.

Agli inizi degli anni 80 molti uccelli erano vittime del bracconaggio, per fortuna questa pratica, che aveva seriamente messo a rischio la loro esistenza in queste zone, è stata combattuta e abbandonata in modo tale che gli animali possano ancora passare da qui incolumi e continuare il loro lungo viaggio senza pericoli.